Au Québec, depuis le début des années 2000, les OGM ont fait l'objet d'études et de rapports traitant de diverses facettes spécifiques de ce dossier OGM.
En juin 2001, trois ministres du gouvernement québécois, soit le ministre de l'Agriculture, des Pêcheries et de l'Alimentation, le ministre de l'Environnement et le ministre délégué à la Recherche, à la Science et à la Technologie, ont confié un double mandat au Conseil de la science et de la technologie :
Le 15 janvier 2002, le Conseil a déposé un avis intitulé OGM et alimentation humaine : impacts et enjeux pour le Québec1.
Dans la foulée de l'Avis du Conseil de la science et de la technologie, la Commission de l'éthique de la science et de la technologie, créée en septembre 2001, a déposé en décembre 2003 un avis sur les enjeux éthiques des OGM. L'avis Pour une gestion éthique des OGM2 porte sur les risques et les préoccupations associés aux produits génétiquement modifiés, ainsi que sur les impacts humains et sociaux liés au processus de transgénèse.
En juillet 2003, la Commission de l'agriculture, des pêcheries et de l'alimentation du Québec 
s'est donné le mandat « d'examiner les nouveaux enjeux du secteur bioalimentaire de la ferme à la table, notamment au chapitre des OGM, de la traçabilité et de l'étiquetage, afin d'améliorer le niveau de la sécurité alimentaire au Québec ». Des consultations publiques ont eu lieu en février 2004 à ce sujet, et la Commission a dressé un bilan et rédigé un rapport qui a été déposé à l'Assemblée nationale du Québec et rendu public en juin 2004. Le rapport de la Commission formule vingt-six recommandations sur les nouveaux enjeux de la sécurité alimentaire au Québec3.
En 2007, la Commission sur l'avenir de l'agriculture et de l'agroalimentaire québécois (CAAAQ) a tenu des audiences nationales et régionales. La CAAAQ avait pour mandat entre autres :
L'enjeu de l'utilisation des OGM en agriculture a été inclus dans les débats.
Dans son rapport final déposé en février 2008, la CAAAQ propose deux recommandations spécifiques sur les OGM (# 39 et 40) :
Vous pouvez consulter le rapport final de la CAAAQ.à l'adresse suivante : http://www.caaaq.gouv.qc.ca/documentation/rapportfinal.fr.html 4
En juin 2009, la CEST publie son supplément à l'avis de 2003, intitulé « Pour une gestion éthique des OGM ». Intitulé « Regard éthique sur les technologies de restrictions de l'utilisation génétique ». Ce supplément recommande plusieurs améliorations au processus canadien de réglementation des TRUG et des OGM. Notamment, que le gouvernement du Québec entreprenne les démarches nécessaires auprès du gouvernement du Canada pour que : soient augmentées les exigences réglementaires dans les processus d'approbation, qu'un comité d'experts indépendants contribue au processus d'analyse et que les données soient rendues publiques.
Le débat est ouvert et continue, tant au Québec qu'ailleurs dans le monde.
