La coexistence implique l'utilisation parallèle de systèmes de cultures avec et sans OGM.
Au Québec, des travaux ont regardé la coexistence des OGM avec les autres cultures (conventionnelles, biologiques, à identité préservée, sans intrant).
En 2018, un portrait de l’offre et de la qualité de semences génétiquement modifiées, non-génétiquement modifiées et biologiques pour le maïs-grain, le soya et le canola au Québec a été publié21.
La Commission de l’éthique en science et en technologie s’est penchée sur le sujet dans son avis Pour une gestion éthique des OGM 
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Une équipe de chercheurs de l’Université Laval a effectué une méta-analyse sur le flux de gènes du maïs GM, du canola GM et du soja GM. L’objet de cette étude était de dresser un portrait détaillé de la littérature scientifique sur la question des flux de gènes en provenance des lignées végétales GM cultivées au Québec. Une revue systématique de la littérature relative aux flux géniques a d’abord été réalisée pour le maïs, le soja et le canola afin de résumer, d’une part, l’état des connaissances sur la question et d’identifier, d’autre part, les études utiles pour la méta-analyse, et les questions pertinentes en pratique pour la mise en place de stratégies de déploiement des cultures GM facilitant la coexistence des systèmes agricoles transgéniques et conventionnels. 743 publications scientifiques ont été répertoriées sur ce sujet.
Les analyses confirment dans l’ensemble les conclusions tirées d’études antérieures sur la question des flux géniques et l’efficacité des modes de confinement souvent considérés pour en minimiser l’incidence. Elles confirment aussi la pertinence des indicateurs développés depuis quelques années pour la définition des stratégies de confinement des transgènes et le suivi de leur efficacité en milieu ouvert.
Ils mettent aussi en lumière des aspects de la question peu traités jusqu’ici, et soulignent l’importance d’études standardisées, dans les années à venir, pour une prise en compte plus formelle de questions spécifiques adaptées au secteur agroalimentaire québécois12.
En 2002, le Joint Research Center (JRC) travaille sur une série d’études de cas portant sur le besoin de mesure de coexistence pour le maïs, les graines oléagineuses et la pomme de terre. Dans son rapport, le consortium JRC/ IPTS-ESTO 13 conclu que le besoin de mesures de coexistence dans l'UE n'était pas général et dépendait du paysage agricole (taille, forme et positions relatives des parcelles GM et non GM), des typologies de la ferme et des cultures considérées.
En 2003, la Commission européenne a recommandé 14 un ensemble de lignes directrices visant à appuyer le développement législatif national et la mise en place de stratégies de coexistence. La liberté de produire des cultures GM pouvait alors être restreinte pour empêcher une contamination transfrontalière dans le cas où les états limitrophes auraient interdit les cultures GM.
En 2006, le conseil des ministres de l’Agriculture a commandé la tenue de travaux visant l’établissement de lignes directrices, y compris de mesures de coexistence plus spécifiques 15.
En 2006, le JRC publie un autre rapport portant sur des études de cas chez le maïs, la betterave à sucre et le coton. La coexistence dans la production de semences serait techniquement possible pour un seuil de 0,5%, avec peu ou pas de changements dans les pratiques actuelles. Pour le maïs, cela est réaliste pour la coexistence entre la production de semences GM et non-GM. Cependant, la coexistence de la production de semences de maïs non GM avec des cultures de maïs GM nécessiterait des changements dans les pratiques actuelles, à savoir l'introduction de distances d'isolement plus importantes (des distances actuelles de 100-200 m à 400-600 m). Si la présence de substances GM dans les semences ne dépasse pas 0,5%, la coexistence dans la production végétale est techniquement réalisable pour le seuil cible de 0,9%. Le rapport évalue également les mesures de coexistence jugées les plus efficaces et les modèles de flux génique. Les tableaux de décision inclus dans ce rapport sont présentés comme des outils pour aider les décideurs à mettre en place des stratégies de coexistence 16.
En 2007, la Commission européenne a déterminé les parts de responsabilité de chacun des acteurs en cas de présence adventive d’OGM dans des cultures non GM 17.
En 2009, une mise à jour des mesures nationales de coexistence est publiée. Lors de sa publication, 15 États membres avaient adopté une législation spécifique pour encadrer la coexistence (AT, BE, CZ, DE, DK, FR, HU, LT, LU, LV, NL, PT, RO, SE, and SK) 18.
Entre 2010 et 2015, l’absence de consensus entre les États membres et la multiplication des actes de résistance ont mené à un statu quo quant à la coexistence des différentes régies de culture au sein de l’Union européenne 19.
Le 11 mars 2015, les États membres ont obtenu le droit de demander l’exclusion de certaines parties de leur territoire lors du processus d’approbation (ou de renouvellement) des cultures GM. En cas d’opposition à cette demande, l’État membre doit démontrer de façon rationnelle et non discriminatoire que la culture GM en question contrevient aux objectifs de ses politiques agricoles, environnementales, ou qu’elle aurait un impact négatif sur le plan sociodémographique, nuirait à son développement territorial ou que la ségrégation des produits GM et non GM ne pourrait être maintenue 20.
La Commission administre COEX-NET (Network Group for the Exchange and Coordination of Information Concerning Coexistence of Genetically Modified, Conventional and Organic Crops) pour favoriser l'échange d'informations sur les résultats des études scientifiques ainsi que sur les meilleures pratiques développées dans les stratégies nationales de coexistence entre les États membres et la Commission.
La commission a également mis en place le Bureau de la Coexistence de la Coexistence européen.
Des travaux importants sur cette question ont été réalisés en Union européenne (UE). Un programme spécial de recherche a été instauré. Ce programme intitulé Co-Extra (GM and non-GM supply chains : their CO-Existence and TRAceability) a duré quatre ans et demi, a rassemblé plus de 200 scientifiques de 52 organismes différents venant de 18 pays de l'UE et d'ailleurs.
Les thèmes de recherche du programme Co-Extra étaient :
Le rapport final de leurs analyses est disponible sur le site Co-Extra.
L’ensemble des résultats de Co-Extra ont été également mis à jour dans un livre spécial intitulé «Genetically Modified and Non-Genetically Modified Food Supply Chains: Co-Existence and Traceability» 4.
