En vertu de la Loi sur les aliments et drogues, Santé Canada 
a la responsabilité d’évaluer l’innocuité, c’est-à-dire la sécurité de l’ensemble des aliments destinés à l’alimentation humaine, qu’ils soient nouveaux ou non, GM ou non, d’origine végétale, animale ou autre.
Le demandeur qui désire commercialiser un aliment GM doit fournir à Santé Canada l’information exigée par le Règlement et les lignes directrices sur les aliments nouveaux . En se basant sur les documents soumis par le demandeur, Santé Canada évalue l’innocuité des aliments GM (aliments nouveaux) selon le principe d’équivalence substantielle.
Ce concept apparaît dans un rapport de l’Organisation de coopération et de développement économique (OCDE) de 1993, Évaluation de la sécurité des denrées alimentaires issues de la biotechnologie moderne : concepts et principes .
Si un aliment GM ou un composé alimentaire GM est essentiellement semblable à un aliment non GM ou à un composé alimentaire non GM existant, il peut être évalué de la même manière que son homologue existant en ce qui concerne la sécurité.
Santé Canada étudie :
Si, après analyse des documents, Santé Canada juge que la consommation de l’aliment GM ne présente pas de risque pour la santé humaine, il statuera qu’il « ne s’oppose pas à ce que l’aliment GM soit utilisé en alimentation humaine au Canada ».
Santé Canada refusera l’approbation s’il y a toxicité.
