La présence des organismes génétiquement modifiés (OGM) dans le secteur agroalimentaire et sur les marchés internationaux entraîne certains enjeux commerciaux. La mise en circulation des OGM et de leurs produits dérivés peut être à l'origine :
L’arrivée des cultures GM et la non synchronisation des approbations entre les différents pays peut susciter des différents commerciaux entre ceux-ci. À titre d'exemple, la contestation du moratoire européen sur les OGM qui a été portée devant les instances de l'Organisation mondiale du commerce (OMC).
Le 13 mai 2003, les États-Unis, le Canada, l'Argentine et l'Égypte déposent, simultanément devant l'Organisation mondiale du commerce (OMC), une plainte contre le moratoire imposé par l'Union européenne (UE) sur l'approbation des OGM.
En mars 2004, selon les règles et procédures régissant le règlement des différends à l'OMC, un Groupe spécial est créé pour traiter la plainte du Canada, des États-Unis et de l'Argentine, l'Égypte s'étant retirée de la démarche.
Le 7 février 2006, dans un rapport préliminaire et confidentiel remis aux Parties, le panel spécial de l'OMC a statué que l'UE et six de ses États membres avaient enfreint les règles commerciales mondiales en interdisant les importations d'OGM.
Selon le rapport, la décision de l'UE et des six États membres d'imposer un moratoire sur les OGM ne repose sur aucune véritable preuve scientifique et empêche de manière illégale les exportations d'OGM vers l'UE.
Dans des rapports distribués aux États membres le 29 septembre 2006, le panel spécial a constaté que l'UE avait appliqué un moratoire de facto général sur l'approbation des produits biotechnologiques entre juin 1999 et août 2003, moment où le présent Groupe spécial avait été établi. Le panel a adopté officiellement ses rapports le 21 novembre 2006.
Le 19 décembre 2006, l'UE a annoncé qu'elle avait l'intention de mettre en œuvre les recommandations et décisions contenues dans les rapports du panel spécial d'une manière compatible avec leurs obligations dans le cadre de l'OMC. Toutefois, en raison de la complexité et du caractère sensible des questions en jeu, l'UE a négocié un délai avec l'Argentine, le Canada et les États-Unis.
Le 21 juin 2007, les États-Unis, le Canada, l'Argentine et l'UE ont convenu que le délai raisonnable dont l'UE disposerait pour mettre en œuvre les recommandations et décisions serait de 12 mois à compter de la date d'adoption des rapports du Groupe spécial. Le délai raisonnable est donc venu à expiration le 21 novembre 2007. Les parties ont alors convenu de prolonger le délai raisonnable de l'UE jusqu'au 11 janvier 2008. Par la suite, des délais supplémentaires ont été accordés à l'UE pour que le délai raisonnable expire le 31 juillet 2009.
L'UE a continué entre-temps de mener des discussions avec les trois plaignants dans le but de régler ce différend et les questions connexes.
Le 15 juillet 2009, à Genève, la délégation du Canada et la délégation de l'UE signent une notification d'une « solution convenue d'un commun accord » qui sera adressée au Président de l'Organe de règlement des différends de l'OMC.
Cette « solution convenue d'un commun accord » entre le Canada et l'UE crée un dialogue formel entre les deux pays sur l'accès aux marchés pour les OGM.
Des réunions ont lieu deux fois par an alternativement à Bruxelles et à Ottawa.
Le dialogue porte notamment sur :
Le 11 mars 2015, le Parlement européen et le Conseil de l’UE modifiaient la directive permettant aux États membres de l’UE de restreindre ou d’interdire la culture d’OGM 
sur leur territoire même après leur autorisation au niveau européen.
Parmi les motifs pouvant être invoqués pour l’interdiction des cultures GM :
Une première version du projet avait été déposée en juillet 2010 et modifiait la directive 2001/18/CE relative à la dissémination volontaire d’OGM dans l’environnement en y ajoutant un nouvel article élargissant les droits des États membres afin de justifier juridiquement une interdiction nationale ou régionale de la culture d’un OGM. La directive était bloquée depuis 2011 et le Conseil de l’UE avait adopté la proposition en première lecture en juillet 2014 et en deuxième lecture le 11 novembre 2014.
La nouvelle législation est entrée en vigueur au printemps 2015.
À noter que les questions relatives à la mise sur le marché et à l'importation des OGM restent réglementées au niveau de l'Union afin de préserver le marché intérieur.
Lors d'un référendum tenu le 27 novembre 2005, les Suisses ont voté pour un moratoire de cinq ans sur l'utilisation d'OGM dans l'agriculture. Alors que le gouvernement et la communauté scientifique lui avaient appelé à voter non, le peuple suisse a dit oui (55,7 % des votes) à l'initiative « Pour des aliments produits sans manipulations génétiques ».
Ce moratoire était en vigueur jusqu'au 27 novembre 2010. Pendant cette période, il était interdit de mettre en circulation des animaux GM destinés à la production d'aliments et de produits agricoles et de cultiver des plantes GM à des fins agricoles. Le semis à des fins de recherche est autorisé dans des conditions strictes.
Peu après le début du moratoire, le Conseil fédéral suisse a lancé un Programme national de recherche intitulé « Utilité et risques de la dissémination des plantes génétiquement modifiées (PNR 59) » afin d'obtenir davantage de données sur les risques potentiels des OGM.
Évoquant toujours le Principe de Précaution, le Conseil fédéral suisse a souhaité prolonger de trois ans le moratoire qui arrivait à échéance en novembre 2010. Il estimait qu'un délai supplémentaire, jusqu'en 2013, était nécessaire pour connaître les risques et permettre ainsi l'achèvement du Programme PNR 59 dont les résultats étaient attendus à l'été 2012.
Le moratoire fut prolongé à plusieurs reprises depuis et est en vigueur jusqu’en 2025. Le Conseil fédéral est chargé de remettre un rapport qui réponde aux questions en suspens concernant une possible coexistence de différents types d’agriculture, la liberté de choix des consommateurs et les risques des nouvelles technologies du génie génétique.
Le Conseil des États a toutefois demandé le 8 mars 2022 au Conseil fédéral de présenter en 2024 un cadre légal pour autoriser les plantes et semences obtenues au moyen des nouvelles techniques de sélection auxquels aucun matériel génétique étranger n'a été ajouté (exemple par les techniques d’édition génomique).
En fait, ce moratoire a une valeur symbolique, puisqu'aucun OGM n'est actuellement cultivé en Suisse.
Les plantes GM ne sont pas nuisibles pour la santé humaine, ni pour l’environnement. C’est la conclusion du rapport final du Programme national de recherche - PNR 59, réalisé par le Fonds national suisse (FNS) et publié le 28 août 2012. Ce rapport met en lumière les résultats de 30 projets de recherches menés entre 2007 et 2011 et de l’analyse de milliers d’articles scientifiques internationaux1 2 3 4 5.
Les effets indésirables identifiés sur les sites où les OGM ont été cultivés sont issus de mauvaises pratiques agricoles plutôt qu’une conséquence du génie génétique. Selon les chercheurs suisses, le potentiel du génie génétique n’est pas utilisé à son maximum.
Les études démontrent que les scientifiques n’ont pas à évaluer le procédé d’obtention d’une nouvelle variété végétale, mais les nouvelles propriétés de cette variété. Les plantes GM doivent donc être comparées aux plantes conventionnelles en matière de répercussions écologiques, économiques et sociales.
Le gouvernement suisse a établi une aire protégée permanente sur les terres fédérales pour réaliser des essais sur les cultures GM7, ceci afin de permettre aux chercheurs de conduire des analyses et réduire les coûts associés à la sécurisation des sites réguliers habituellement utilisés.
Situé au nord de Zurich, à la station de recherche Reckenholz, le site protégé d'environ trois hectares a notamment été utilisé pour évaluer un blé GM avec une résistance à l'oïdium.
Cette décision du gouvernement suisse d’instaurer un tel site était annoncée 5 ans après que des scientifiques de l'Université de Leeds au Royaume-Uni aient demandé dans une lettre envoyée à la revue Nature la protection des recherches sur les cultures GM dans l’Union européenne8.
Avec cette décision, la Suisse devenait le premier pays en Europe qui fournissait une installation protégée pour des recherches sur les OGM.
L'Amérique du Nord et l'Union européenne ne gèrent pas les OGM de la même façon. L'approche européenne se réfère au principe de précaution alors que l'approche nord-américaine se base sur l'équivalence substantielle des produits.
Ce type de différend porte entre autres sur la question des modalités d'utilisation des semences transgéniques brevetées.
Vernon Hugh Bowman, un agriculteur âgé de 75 ans de l’Indiana, était poursuivi par la compagnie Monsanto pour avoir utilisé la descendance du soja GM de la compagnie pour semer sur sa terre pendant huit saisons. Selon Monsanto, en n’achetant pas les semences, Bowman aurait violé ses brevets.
Le 13 mai 2013, la Cour suprême rendait sa décision en tranchant à l'unanimité en faveur de la société américaine. Selon elle, la protection intellectuelle « ne permet pas à un agriculteur de reproduire des graines brevetées en les plantant et en les récoltant sans détenir une permission du propriétaire du brevet ». La cour a donc condamné M. Bowman à payer près de 85 000 $ à Monsanto910.
Le consommateur s'interroge sur la valeur nutritive des aliments, sur les procédés de fabrication des aliments, sur les systèmes d'approbation, d'étiquetage et de traçabilité des OGM. Le Canada ainsi que plusieurs autres pays se sont penchés sur les enjeux que suscite la présence des OGM sur leurs marchés. Ils ont notamment adopté des normes et des réglementations régissant l'étiquetage et la gestion des aliments contenant des OGM. Sur le plan du commerce international, certains organismes et accords proposent des lignes de conduite pour encadrer le commerce des aliments GM et de leurs produits dérivés. Parmi les plus importants : l'Organisation mondiale du commerce (OMC), le Codex Alimentarius et le Protocole de Cartagena.
Au Québec, au cours des dernières années, les enjeux que représentent les OGM ont fait l'objet d'études et de rapports traitant de diverses facettes spécifiques de ce dossier.
Selon l'Office de la propriété intellectuelle du Canada , les brevets sont des droits conférés par le gouvernement qui donnent aux inventeurs les droits exclusifs sur leurs inventions. La durée de vie du brevet est limitée et empêche une autre personne de fabriquer, utiliser ou vendre une invention dans le pays où le brevet est accordé.
Au Canada, un brevet offre une protection de 20 ans à partir de la date à laquelle la demande de brevet est enregistrée.
Le soja Roundup ReadyTM(RR) représente la première génération de soya RR et il s'agit du premier OGM dont le brevet canadien est arrivé à échéance. Il a expiré au mois d'août 2011.
La fin du brevet ne signifie pas la fin de l'offre des semences RR pour le secteur agricole. D'ailleurs, de nouveaux cultivars sont en développement.
Quelles sont les conséquences pour les producteurs agricoles canadiens?
Dans le contexte des OGM, la coexistence implique l'utilisation parallèle de systèmes de cultures avec et sans OGM. Pour assurer cette coexistence, on doit veiller à respecter l'identité des aliments destinés ou bien aux humains ou bien aux animaux, et à maintenir leur séparation.
Il s'agit de permettre à tous les agriculteurs de cultiver ou non des OGM.
