Présentement au Canada, les plantes GM doivent être approuvées par le Bureau de la biosécurité végétale (BBV) 
de l’ACIA, avant de pouvoir être introduites dans l’environnement. Le BBV évalue et autorise les essais au champ (pour les plantes GM), analyse le risque potentiel d’incidences environnementales, autorise et supervise les permis d’importation, la dissémination environnementale et l’enregistrement des variétés.
Les administrations des provinces n’interviennent pas dans le processus d’approbation des OGM de l’ACIA. Cependant, elles sont avisées des essais en champ prévus sur leur territoire et elles disposent de 30 jours pour formuler leurs commentaires. De son côté, le gouvernement du Québec ne dispose pas, à ce jour, de moyens spécifiques d’intervention en ce qui concerne l’approbation des OGM végétaux.
Le demandeur qui désire commercialiser une plante GM doit fournir au BBV une description complète et détaillée de l’organisme à être approuvé : ses caractéristiques, ses effets potentiels sur l’environnement, ses modalités d’utilisation et de traitement envisagées pour satisfaire les essais en milieux confinés.
Après analyse de ces renseignements, le BBV autorise éventuellement les essais au champ en milieux confinés. Ces essais comprennent entre autres l’isolement reproductif, la surveillance des lieux d’essais et les restrictions d’utilisation du sol après la récolte.
En 2021, 271 essais au champ ont été réalisés au Canada, mais aucun au Québec. Pendant les essais, le BBV inspecte les parcelles d’essais et examine l’ensemble des dossiers et des registres du demandeur. Si les essais en milieux confinés sont satisfaisants, le BBV évalue par la suite les risques potentiels de la plante GM sur l’environnement.
Un demandeur peut décider de ne pas réaliser un essai au champ, même s’il en a obtenu l’autorisation de l’ACIA.
Avant de pouvoir être introduits en milieu ouvert, les OGM doivent obtenir une seconde autorisation. Le demandeur doit alors fournir au BBV des renseignements techniques détaillés permettant de caractériser l’OGM à être approuvé. Dans le cas d’une plante GM, le demandeur doit prouver par des protocoles expérimentaux qu’elle est sans danger pour l’environnement. Le BBV évalue les critères de sécurité suivants :
Lorsque les résultats de l'analyse sont satisfaisants, une autorisation est accordée, avec ou sans condition, à des fins de « dissémination en milieux ouverts dans l'environnement ». À la suite de cette décision, la plante GM peut être cultivée à des fins de production et de commercialisation.
Pour des raisons de marché, les OGM approuvés ne sont pas tous commercialisés, même si une autorisation a été délivrée à cette fin.
Dans son processus d’approbation des plantes GM, le BVV de l’ACIA exige que les requérants présentent et appliquent un plan de gestion de la résistance des insectes pour les cultures d’OGM produisant la toxine insecticide Bt (maïs Bt, pommes de terre Bt). Ce plan énonce les bonnes pratiques de gestion à suivre pour réduire et retarder l’émergence possible de populations d’insectes résistants à la toxine Bt dans les champs d’OGM en culture Bt. Les plans de gestion sont assujettis à la vérification par l’ACIA.
Le demandeur qui désire commercialiser une plante GM avec l’intention de l’utiliser ou d’utiliser ses produits dérivés (grains, moulée, farine, etc.) pour l’alimentation du bétail, doit en aviser le plus tôt possible le BBV et la Section des aliments du bétail (SAB) de l’ACIA. La SAB exigera alors une évaluation de l’innocuité et de l’efficacité des produits afin de déterminer s’ils pourront être utilisés comme aliment nouveau (AN) pour les animaux.
La SAB, qui a également la responsabilité d’évaluer les produits dérivés de végétaux cultivés à l’étranger et importés au Canada, doit s’assurer que ces aliments sont salubres, efficaces et bien étiquetés.
Le demandeur doit fournir tous les renseignements requis pour permettre une évaluation adéquate de la plante GM et sa comparaison avec des végétaux non modifiés. Ces renseignements doivent notamment inclure :
Lorsque l’évaluation des données fournies par le demandeur est positive, l’ACIA peut délivrer une autorisation à des fins de « consommation animale ».
Les végétaux GM utilisés en moléculture végétale sont des végétaux à caractères nouveaux (VCN) et, à cet égard, ils sont soumis à la même réglementation que les autres VCN. Habituellement évaluées au cas par cas par l’ACIA, les demandes d’essais au champ en conditions confinées sont assujetties aux exigences de la Directive de réglementation Dir 2000-07 sur la dissémination dans l’environnement de végétaux à caractères nouveaux dans le cadre d’essais au champ en conditions confinées .
À ce jour, aucune plante GM mise au point à des fins de moléculture végétale n’a encore été approuvée pour commercialisation au Canada.
